Desde 1910, año de nacimiento de la Universidad Nacional de México, el Consejo Universitario ha fungido como la máxima autoridad colegiada de la Universidad, y estaba facultado para discutir, adoptar y elevar a la Secretaría de Instrucción Pública y Bellas Artes, de la que la Universidad dependía, las iniciativas sobre asuntos académicos y administrativos que se presentaban en el seno del mismo Consejo.
El primer Consejo Universitario quedó compuesto por el Rector, los directores de las escuelas universitarias (Escuela Nacional Preparatoria, Escuela de Jurisprudencia, Escuela de Medicina, Escuela de Ingenieros, Escuela de Bellas Artes -sólo el área de Arquitectura- y Escuela de Altos Estudios), el Director de Educación Primaria, cuatro profesores nombrados por la Secretaría de Instrucción Pública y Bellas Artes, dos profesores ordinarios por cada escuela universitaria y un alumno por escuela, con propietario y suplente para el caso de los profesores y alumnos representantes.
En 1912 se emite el Reglamento de las Sesiones del Consejo Universitario, en el que se definen los procedimientos para llevar a cabo las sesiones y la presentación de iniciativas y dictámenes, así como el protocolo de las discusiones y las votaciones.
A partir de 1914, la Universidad atravesó por un largo periodo de cambios e incertidumbre como consecuencia de la propia transformación del país. En ese año se otorga al Consejo Universitario la atribución de presentar al Presidente de la República la terna para la designación del Rector y se modifica su composición, incorporando al Jefe de la Sección Universitaria de la Secretaría de Instrucción Pública y Bellas Artes, y reduciendo el número de profesores nombrados por la Secretaría.
Fue hasta 1929 que la nueva Ley Orgánica de la Universidad Nacional Autónoma otorgó al Consejo Universitario el carácter de suprema autoridad de la Institución, lo dotó de facultades resolutivas y reglamentarias, y estableció su funcionamiento en pleno y en comisiones, permitiendo estabilidad en la casa de estudios. Asimismo, modificó nuevamente su composición, quedando integrado por representantes ex oficio, representantes de profesores y de alumnos, dos delegados de la Federación Estudiantil, un delegado por cada asociación de ex alumnos graduados y un delegado por la Secretaría de Educación Pública.
La Ley Orgánica de 1929 quedó derogada en 1933, por una que ordenaba la conformación de una Asamblea representativa, con atribuciones para designar un encargado provisional de la Rectoría que presidiría la Asamblea; ejercer provisionalmente las funciones del Consejo Universitario; y expedir, “a la mayor brevedad”, las normas destinadas a regir su integración. Ello no significó la suspensión de las labores del Consejo, que continuó funcionando conforme a lo dispuesto por su propio Reglamento y, poco después, también por el Estatuto de la Universidad. Con la Ley Orgánica de 1933, el Rector se convierte en el jefe nato de la Universidad, y su designación queda exclusivamente a cargo del Consejo Universitario, ya sin la intervención del Presidente de la República.
Más de una década después, en 1945, se expide la nueva Ley Orgánica de la Universidad Nacional Autónoma de México, vigente en la actualidad, que modifica la estructura de la Universidad, crea nuevas autoridades universitarias y redefine las facultades del Consejo Universitario, confiriéndole las de:
Expedir todas las normas y disposiciones generales encaminadas a la mejor organización y funcionamiento técnico, docente y administrativo de la Universidad;
Conocer de los asuntos que de acuerdo con las normas y disposiciones generales correspondientes le sean sometidos, y
Las demás que esta Ley le otorga.
Destaca también la designación de los miembros de la recién creada Junta de Gobierno; y en general, conocer de cualquier asunto que no sea de la competencia de alguna otra autoridad universitaria. Asimismo, se establece que el Consejo Universitario quedaría integrado por el Rector, quien lo preside; el Secretario General, también Secretario del Consejo; los directores de facultades, escuelas e institutos; representantes de los profesores y alumnos de cada una de las facultades y escuelas; un profesor representante de los centros de extensión universitaria; y un representante de los empleados de la Universidad.
El Consejo Universitario atiende los asuntos de su competencia, en sesiones plenarias ordinarias o extraordinarias, dependiendo del carácter de los asuntos; y de comisiones tanto permanentes como especiales. En respuesta a las actuales circunstancias, este órgano colegiado ha efectuado ajustes en su conformación para lograr la representatividad de la comunidad universitaria, asimismo ha creado nuevas comisiones para la atención y análisis de los problemas y asuntos que plantean las nuevas realidades, y ha normado su funcionamiento y el de la Universidad conforme a sus necesidades.
En la actualidad el Consejo Universitario está integrado por el Rector, el Secretario General, los directores, los representantes de los alumnos (bachillerato, licenciatura y posgrado), de los profesores, de los investigadores, de los técnicos académicos y del personal administrativo, que forman parte de las facultades, escuelas, institutos, centros de extensión universitaria y dependencias administrativas.
